Lahirnya Fakultas Agama Islam tidak lepas dari wujud cita-cita yang diamanatkan oleh para ulama, yang mendirikan Universitas Islam di Kota Bandung pada tanggal 30 November 1959 dengan nama Universitas Nahdlatul Ulama (UNNU) di bawah pembinaan Yayasan UNNU, sebagai persembahan Keluarga Besar Ahlussunnah Waljama’ah kepada masyarakat dan bangsa Indonesia.

Sejak berdirinya UNNU telah meletakkan dasar dan menganut sistem pendidikan terpadu yang dijabarkan dalam program pendidikan professional yang dipandang strategis bersumber pada hasil-hasil perkembangan disiplin ilmu pengetahuan dan kaidah-kaidah yang terkandung dalam dienul Islam.  Atas dasar itulah, dibuka Fakultas Ekonomi dan Fakultas Hukum, yang pada tanggal 18 September 1963 memperoleh status diakui.

Perkembangan politik di seluruh tanah air sekitar tahun 1965-1966 telah mempengaruhi kehidupan dunia Perguruan Tinggi, termasuk UNNU didalamnya. Salah satu upaya untuk menetapkan UNNU sebagai lembaga akademik ilmiah, maka diadakan reorganisasi termasuk penggantian namanya menjadi Universitas Islam Nusantara (UNINUS)Âpada tanggal 15 April 1969, di bawah pembinaan Yayasan Uninus.

Romantika sejarah perkembangan Uninus selanjutnya masih memerlukan terciptanya suatu pola dan sistem kepemimpinan lebih mantap dan berwibawa, maka diadakan reorganisasi kepemimpinan yang dipercayakan kepada H. Muhammad Nawawi sebagai Rektornya, dan termasuk penggantian nama Yayasan menjadi Yayasan Islam Nusantara (YIN), yang diasuh antara lain oleh Prof. Dr. H. Ahmad Sanusi, SH, MPH. Yayasan tersebut sebagai penerus kedua Yayasan terdahulu yang bertugas melanjutkan pembinaan atas UNINUS.

Dengan terwujudnya sistem kependidikan yang baru itu, maka sejak tanggal 17 November 1976 pembinaan UNINUS dengan lancar dan mantap serta berkembang lebih pesat. Kepesatan perkembangan dan tingkat kemajuan yang dicapai UNINUS hingga saat ini adalah berkat usaha dan pengabdian yang tidak mengenal lelah dari para tokoh dan Pembina; sehingga pada tanggal 20 April 1977 berdirilah Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan (FKIP). Dan pada tahun akademik 1980/1981 dibuka tiga Fakultas yaitu: Fakultas Teknik, Pertanian dan Fakultas Sastra. Kemudian pada tahun akademik 1984/1985 dibuka Fakultas Ilmu Komunikasi.

Dengan dikeluarkannya Surat Keputusan Rektor No.596-Kep/R-UIN/II/1989 tanggal 17 Februari 1989 bertepatan dengan tanggal 11 Jumadil Akhir 1409 H tentang pembentukan Panitia persiapan Pendirian Fakultas Agama Islam. Berdasarkan hasil musyawarah ditetapkan berdirinya Fakultas Ushuluddin jurusan Da’wah di lingkungan UNINUS. Adapun susunan kepanitiaannya sebagai berikut:

Penasihat                  : K.H.R. Sudja’i (Alm)

K.H.E.Z. Muttaqin (Alm)

Ketua                         : Prof. Dr. Tb. Abin Syamsuddin Ma’mun, MA

Sekretaris                 : H. Salimuddin, MA

Wakil Sekretaris      : Drs. H. R.A.G. Hanafi Martadikusumah, MH

Anggota                     : K.H. Shodiq Ihsan, MA (Alm)

Drs. K.H. Ahmad Syahid

Drs. H. Chairuddin, MA (Alm)

Drs. H. Husen Saeful Insan, M.M.Pd.

Dra. Hj. R. Ella M. Muhammad

Sesuai dengan Surat Keputusan Binbaga Islam Depag RI Nomor 48/E/1989 tanggal 3 Oktober 1989, lahirlah Fakultas Ushuluddin Jurusan Da’wah; hal ini tentu saja atas dukungan alim ulama dan tokoh masyarakat Jawa Barat. Sebagai perintis pendirian pertama, pimpinan Fakultas Ushuluddin UNINUS periode 1989/1990 dipercayakan kepada Rektor UNINUS pada saat itu yaitu Prof. Dr. Tb. Abin Syamsuddin Ma’mun, MA, selaku Pejabat Sementara (Pjs) Dekan, dibantu dengan Pembantu Dekan I merangkap ketua Jurusan Da’wah, yaitu H. Salimuddin, MA; sedangkan Pembantu Dekan II dan III dipercayakan kepada Drs. H. R.A.G. Hanafi Martadikusumah, MH. Kemudian sebagai generasi penerus periode 1991-1994 Fakultas Ushuluddin dipimpin oleh:

D e k a n                                : H. Salimuddin, MA

Pembantu Dekan I              : Drs. Chotib Amrullah, M.Ag.

Pembantu Dekan II             : Drs. H. R.A.G. Hanafi M, MH

Pembantu Dekan III           : Drs. H. Chairuddin, MA

Ketua Jurusan da’wah        : Dra. Hj. R. Ella M. Muhammad

Sekretaris jurusan               : Drs. H. Dadang Za’im Affandi, M.Si.

Untuk memperluas pengembangan keilmuan, dorongan masyarakat dan kebijakan Pemerintah, maka pada tanggal 29 November 1994 dengan Surat Keputusan Menteri Agama Nomor 511 Tahun 1994, Fakultas Ushuluddin berubah nama menjadi Fakultas Agama Islam, dengan tambahan Jurusan yaitu Jurusan Pendidikan Agama Islam.

Sejalan dengan perkembangannya, Fakultas Agama Islam UNINUS telah mengalami beberapa kali pergantian kepemimpinan yang bertujuan untuk meningkatkan kualitas Fakultas dalam setiap periodenya. Selain itu juga memberikan kesempatan kepada dosen yang memiliki kualifikasi untuk memimpin dan mengembangkan sebuah lembaga untuk mencapai tujuan pendidikan perguruan tinggi melalui strategi-strategi yang mengacu pada Rencana Strategi Universitas.

Setelah masa bakti H. Salimuddin, MA., habis sebagai Dekan Fakultas, periode berikutnya jabatan Dekan mengalami beberapa kali pergantian. Beberapa nama yang pernah menjabat sebagai Dekan Fakultas Agama Islam hingga kepemimpinan saat ini adalah:

1. Habib Syarif Alaydrus
2. Hanafi Martadikusumah
3. Chotib Amrullah, M. Ag.
4. Z. Arifin Sanusi, M. M. Pd.
5. H. Engkos Kosasih, M. M. Pd.
6. Z. Arifin Sanusi, M. M. Pd.
7. Abdul Holik, M.M. Pd.

Landasan nilai agama dalam kehidupan menjanjikan nuansa kehidupan yang seimbang. Terciptanya harmoni kehidupan antara material dan spiritual, lahir dan bathin. Hadirnya Fakultas Agama Islam UNINUS, sebagai lembaga pendidikan tinggi yang mengkaji ilmu-ilmu agama dan akan melahirkan sarjana agama, menempati posisi yang diperlukan untuk mengantisipasi dan mengimbangi perkembangan zaman.

Dari Fakultas Agama Islam UNINUS lahir banyak sarjana yang setiap saat dibutuhkan masyarakat. Seiring dengan perkembangan zaman dan banyaknya kebutuhan pasar terhadap program studi yang berbasis ke-islaman, maka Fakultas Agama Islam Universitas Islam Nusantara, saat ini terdapat empat program studi yaitu:

1. Program Studi Pendidikan Agama Islam
2. Pendidikan Guru Madrasah Ibtidaiyah/PGMI
3. Komunikasi dan Penyiaran Islam /KPI
4. Perbankan Syariah/Perbankan Syariah

Sejalan dengan perkembangan dan kebutuhan serta banyaknya permintaan masyarakat dan lulusan, maka di lingkungan Fakultas Agama Islam telah dibuka Program Magister Pendidikan Agama Islam (S2-PAI) dan saat ini sedang disiapkan untuk mendirikan Program Studi Doktor (S3) Pendidikan Agama Islam.